La chiesa di San Tommaso era situata a breve distanza dalla Cappella di Santa Maria d’Appia. Ancora oggi ne sono visibili i ruderi. La sua fondazione risale agli inizi del XVII secolo ed il suo nome viene proprio dalla immensa vocazione verso il Santo dei filosofi, teologi e delle scuole cattoliche. Il fabbricato era lungo circa 18 m, largo circa 8 m, alto 6 m e il muro perimetrale aveva un apice di circa 1,5 m. All’interno, vi era una nicchia ad arco con altare che probabilmente accoglieva la statua del Santo. Vi era la sacrestia, ora ridotta in grotta in cui si osservano due pozze d’acqua sorgiva. Sulle pareti d’ingresso sono ancora visibili due piccole finestre trapezoidali. Possedeva solo una vigna e percepiva pochissima rendita. La ricorrenza di San Tommaso ricade il 28 gennaio, ma per comodità meteorologiche il Clero celebrava il 7 marzo di ogni anno, la festa con una messa cantata e tre messe lette