Nulla si sa di preciso sulla nascita e sulla soppressione della chiesa intitolata a San Giovanni Battista, il profeta che istituì il battesimo, posta tra quella di San Pietro e quella di San Nicola in Largo Carlo Cecere. Di certo si sa invece che il 22 aprile 1544 era aperta al culto. Questo dato è testimoniato dalla presenza di un documento di padre Antonio Grillo, al seguito di Monsignor Giovanni Michele Saraceno, arcivescovo della diocesi Aderenza - Matera, in occasione della visita pastorale a Grottole. La chiesa presentava un tetto a volta lunettato, pavimento in mattoni cotti, due altari e cella campanaria con campana. Si parla anche della presenza di immagini sulle pareti. Dei suoi oggetti non si è mai avuta notizia. Aveva due accessi, una porta ad arco rivolta a Levante e un’altra più piccola rivolta a Mezzogiorno. La chiesa alla sua soppressione, fu rilevata la Comune che la mise all’asta e successivamente divenne civile abitazione. Il tempio non percepiva introiti.